موسسه تحقیق و توسعه دانشمند به عنوان بازوی دانش‌بنیان بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی، باید در اقداماتی نوآورانه و فناورانه و با تلفیق تخصص و دانش در زمینه‌های مختلف علمی، پژوهشی، اجتماعی و فرهنگی، خلاءهای زنجیرۀ ارزش و ساختارسازی اجتماعی در مناطق کم‌برخوردار را پر کرده و با همراهی و همکاری سایر قسمت‌های بنیاد مستضعفان، که به‌ صورت مستقیم و غیرمستقیم در این مأموریت نقش دارند ایفای نقش نماید. صندوق نوآوری منطقه‌ای با رویکرد پیشرفت و آبادانی، برگرفته از منویات مقام معظم رهبری(مدظله‌العالی) و با تلفیق تخصص و دانش‌بومی و با تبیین اکوسیستم اجتماعی نوآورانه منطقه‌ای و باز تعریف از نقش بازیگران در زیستبوم های مختلف اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی، برنامه جامع‌نگر در حل نظام مسائل مناطق‌هدف بنیاد مستضعفان ایفای نقش می‌نماید. ایجاد زیر ساخت‌های لازم برای رشد نخبگانی و همچنین راهبری ایشان در سمت و سوی پیشرفت منطقه‌ای، با بهره‌گیری از ظرفیت‌های اکوسیستم بومی از برنامه‌های مشخص صندوق نوآوری منطقه‌ای است.